Gỡ cài đặt phần mềm tương tự về mặt khái niệm trong cả Windows và Ubuntu: các tệp có thể bị xóa và cài đặt cấu hình có thể bị xóa. Việc tất cả các tệp hoặc cài đặt cấu hình có bị xóa bởi quá trình gỡ cài đặt hay không, tùy thuộc vào phần mềm bạn đang gỡ cài đặt, không phải hệ điều hành.
Phần mềm (trong cả Windows và Ubuntu) có thể để lại dư lượng vì nhiều lý do, từ sự lười biếng đơn giản của người tạo phần mềm, đến việc giữ cài đặt người dùng để cài đặt lại tiềm năng, để lại các tệp được tạo bởi phần mềm (ví dụ sẽ là phần mềm xử lý văn bản: người dùng sẽ rất điên nếu tất cả các tài liệu được tạo bằng nó đã bị xóa khi gỡ cài đặt)
Nói chung, việc để lại các tệp và cài đặt cấu hình hơi khó hiểu hơn trong thế giới Linux so với thế giới Windows, nhưng trong hầu hết các trường hợp, bất kỳ tệp hoặc khóa đăng ký nào còn lại chỉ được sử dụng bởi chương trình được đề cập. Vì vậy, ngoài việc tiêu thụ dung lượng trên đĩa cứng của bạn, chúng không nên ảnh hưởng đến hiệu suất và tính ổn định của hệ thống. Điều này đúng cho cả Windows và Ubuntu.
Tuy nhiên, các chương trình thực hiện sửa đổi hệ thống, chẳng hạn như trình điều khiển, trình nền, công cụ hệ thống, v.v., nhưng thực sự là bất kỳ phần mềm nào yêu cầu bạn truy cập root (độ cao trong Windows) trong quá trình cài đặt, không có nghĩa vụ kỹ thuật để xóa mọi thứ khi gỡ cài đặt, và có thể để lại dư lượng có thể làm giảm hiệu suất, tính ổn định và bảo mật của hệ thống. Một lần nữa, điều này đúng với cả Windows và Ubuntu.
Nếu bạn phải đảm bảo rằng việc gỡ cài đặt sẽ không ảnh hưởng tiêu cực đến hệ thống của bạn, hãy đảm bảo bạn chỉ cài đặt phần mềm không yêu cầu quyền truy cập root (độ cao trong Windows). Nếu bạn sẽ cài đặt phần mềm yêu cầu quyền truy cập root (độ cao trong Windows), thì tất cả các đảm bảo đều bị tắt, vì vậy tôi khuyên bạn nên bám vào các nhà xuất bản phần mềm mà bạn tin tưởng và hy vọng điều tốt nhất.
Lưu ý rằng khi tôi đề cập đến Windows, tôi đang nói về Windows Vista trở lên, chạy trên các tài khoản người dùng bị hạn chế theo mặc định.