Cách ưa thích để cài đặt các gói R trong Ubuntu là gì?

Tôi đang cài đặt trong R trong Ubuntu, nhưng tôi hơi bối rối với nhiều tùy chọn có để cài đặt gói.

Cách truyền thống là cài đặt chúng, bên trong R, bằng cách thực hiện install.package(). Ubuntu tuy nhiên cung cấp khả năng cài đặt với apt-get. Điều này rất thú vị vì HĐH sẽ giữ các gói cập nhật. Vì chúng chỉ có sẵn một vài gói nên nó sẽ tạo ra vấn đề sớm hay muộn. Cuối cùng tôi sẽ có các gói cài đặt thông qua cách truyền thống, cài đặt chúng theo nhiều cách khác nhau và có thể (?) Điều này cũng sẽ tạo ra các vấn đề về phiên bản.

Cách ưa thích để cài đặt và giữ các gói R trong Ubuntu là gì?

Tôi nghĩ rằng các gói R duy nhất có sẵn thông qua các repos Ubuntu là các gói được duy trì bởi nhóm cốt lõi phát triển R. Giống như với hầu hết các gói, những gói có sẵn thông qua apthoặc synap không phải lúc nào cũng là phiên bản mới nhất. May mắn thay, bạn có tùy chọn thêm nguồn phần mềm do CRAN duy trì bằng cách tạo một tệp mới /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listcó chứa một dòng văn bản:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(thay thế trusty/bằng tên mã của bản phân phối của bạn; nếu bạn không biết nó nhập lsb_release -cvào một thiết bị đầu cuối). Sau đó (và apt update) quản lý gói của bạn sẽ luôn cài đặt (hoặc cập nhật cho) các phiên bản Cran-duy trì của r-base, r-base-corevv, bởi vì họ sẽ có số phiên bản cao hơn so với những người trong nguồn debian. Xem ở đây nếu aptphàn nàn về repo không dấu.

Đối với tất cả các gói khác (AKA "gói đóng góp"), tôi thích cài đặt trong R hơn install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))bất cứ khi nào có thể, trừ khi tôi biết rằng phiên bản trên CRAN đã cũ và phiên bản mới hơn có chức năng mà tôi cần. Trong những trường hợp như vậy, bạn có thể cài đặt từ GitHub bằng devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')hoặc tải xuống tệp lưu trữ và cài đặt nó từ cửa sổ đầu cuối qua R CMD INSTALL name_of_package.tar.gzhoặc trong R qua install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Để đầy đủ, đây là hướng dẫn chính thức từ CRAN .

Tôi thường sẽ cài đặt bằng cách sử dụng apt-get r-cranbất cứ khi nào có thể, vì điều này quan tâm đến các phụ thuộc và cập nhật theo cách sạch hơn. Chỉ khi nó không có sẵn, tôi sẽ sử dụng cài đặt từ bên trong R.

Lưu ý rằng có hai kho lưu trữ cho các gói R Debian:

1. Chính thức R: cung cấp một vài gói. Để bao gồm nó, bạn cần thêm liên kết vào repo cập nhật tệp source.list của bạn . Điều này được ghi lại trên trang CRAN-ubfox , sau đó chạy apt-get update, sau đó nâng cấp

2. PPA: Michael rutter cung cấp một ppa , cran2deb4ubfox , chứa nhiều gói hơn. Đối với một số tài liệu, xem phần cuối của blog này . Bạn chỉ cần chạy (sau đó sau khi cập nhật / nâng cấp):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Xin lưu ý rằng đối với R 3.5.0, tên repo đã thay đổi và các lib của Chế độ xem tác vụ được Michael Rutter biên dịch hiện có sẵn từ cran2deb4ubfox_3.5