Một hạn chế khó chịu của gnome ngược dòng là việc sử dụng Nautilus được mã hóa cứng, ví dụ, trong Bảng điều khiển Gnome. Điều đó khiến cho Tiểu học Nautilus thay thế gói nautilus và thực thi nautilus thay vì tạo dự án riêng biệt. Điều này cũng ngăn người dùng sử dụng các trình quản lý tệp thay thế như Pcmanfm.
Có lẽ Canonical nên phát triển một số biện pháp để cho phép người dùng chọn trình quản lý tệp của mình trong Unity?