Làm thế nào để cài đặt devtools của R và số hóa?

Tôi cần devtools vì tôi cần hàm install_github để cài đặt gói không CRAN số hóa tại đây . Tôi đã cài đặt Rbởi

sudo apt-get install r-cran-robustbase

Tôi đã không cài đặt các gói của R ngay lập tức, như câu trả lời của terdon đề xuất, nhưng tôi có thể sửa các quyền:

sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/

mà tôi nghĩ là cài đặt mặc định. Sau đó tôi đã phải làm như đề xuất câu trả lời của rcs, để cài đặt thành công devtoolsvà tpoisot/digitizenhưng chỉ với

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')

Đầu ra của lệnh cuối cùng có thể là

Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

Làm install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)nhưng bạn có thể nhận được

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)

Tôi không thể tìm cách cài đặt số hóa mà không có sudo. Vì vậy sudo R, và lặp lại tương tự và bạn nhận được

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)

Thêm vào masinhóm hiện có staffđể làm việc mà không cần sudovào R; mà bạn cần cũng trong một cài đặt mới

sudo usermod -a -G staff masi

Các thử nghiệm cài đặt

1. Tôi làm theo hướng dẫn ở đây . Tôi bắt đầu Rtrong $HOME/Pictures/không sudovà sử dụng hình ảnh thử nghiệm của họ ở đây .

2. Chọn bốn điểm trong các trục bằng chuột cal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')

3. Làm data.points = digitize::DigitData(col = 'red')và chọn điểm thủ công là điểm dữ liệu của bạn

4. Tôi đóng cửa sổ Plot bằng cách nhấp chuột thứ hai.

5. Làm df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)và nhìndf

          x  y
   1  71.50 NA
   2  65.65 NA
   ...
   24 26.80 NA
   

   Đang làm head(df)

         x  y
   1 71.50 NA
   2 65.65 NA
   3 64.60 NA
   4 60.85 NA
   5 59.05 NA
   6 58.15 NA
   

Chi tiết cài đặt

• Trong Rvà khôngsudo

  > .Library
  [1] "/usr/lib/R/library"
  > > .libPaths()
  [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
  [3] "/usr/lib/R/library"  
  

• Lệnh ls /usr/lib/R/library/không liệt kê devtools. Tại sao?

  base       compiler   grid        methods   rpart    survival
  boot       datasets   KernSmooth  mgcv      spatial  tcltk
  class      foreign    lattice     nlme      splines  tools
  cluster    graphics   MASS        nnet      stats    translations
  codetools  grDevices  Matrix      parallel  stats4   utils
  

• Chỉ huy ls -la /usr/local/lib/R/

  total 12
  drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 5 root root  4096 touko 19 22:25 ..
  drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
  

• Chỉ huy ls -la /usr/local/lib/

  total 20
  drwxr-xr-x  5 root root  4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 14 root root  4096 touko 19 22:13 ..
  drwxrwsr-x  4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
  

• Chỉ huy R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R

   R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
   Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
   Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
   ...
  

• library(devtools) được tải

Công cụ khác biệt

• Dự án này phổ biến hơn và có thể hoạt động tốt hơn https://github.com/markummitchell/engauge-digitizer

Lý do lỗi trước

• Không có hệ thống sạch: các hệ thống được nâng cấp từ 14.04, 15.10, v.v.
• Bối rối quyền / chủ sở hữu vì những điều trước đó.
• Lỗi chính trong quá trình.
• Không có bản sao lưu trong trường hợp thất bại.
• ...
• tài liệu còn thiếu

Hệ thống: Ubuntu 16.04 64 bit trong cài đặt sạch
Phần cứng: Dell PC 2013, Macbook Air 2013-mid, ...

httrnhập opensslgói cần theo yêu cầu hệ thống libssl-dev( sudo apt install libssl-dev)

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

Các curlgói cần theo yêu cầu hệ thống libcurl4-openssl-dev:

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

Vì vậy, để cài đặt, bạn sẽ cần phải chạy:

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

Sau đó bắt đầu một vỏ R với sudo Rvà:

install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')

Theo nguyên tắc chung, bạn không chỉ thay đổi quyền của các thư mục hệ thống! Đó là những gì truy cập root là dành cho. Đặt các quyền trở lại cách bạn tìm thấy chúng và lần chạy tiếp theo sudo Rvà install.packagestừ vỏ R kết quả.

Bây giờ, lý do bạn không thể cài đặt là có ngay trong đầu ra mà bạn hiển thị:

ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’

Rõ ràng, như được giải thích bởi rcs , trên Ubuntu, bạn cần cài đặt libssl-devvà libcurl4-openssl-devđầu tiên.

Vấn đề tiếp theo là cài đặt R của người dùng root của bạn có /usr/local/lib/R/site-librarythư mục đầu tiên trong đầu ra .libPathsvà nó không nằm trong đường dẫn của người dùng thông thường của bạn. Vì đó là mục nhập đầu tiên cho root, nên đó là nơi thư viện của bạn đã được cài đặt:

 Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

Vì vậy, một giải pháp đơn giản là tạo một tệp có tên ~/.Rprofilevà thêm dòng này vào nó:

.libPaths("/usr/local/lib/R/site-library/")

Ngoài ra, hoặc ngoài ra, bạn có thể bao gồm một dòng như

   .libPaths("/home/masi/Rlibs")

Điều đó sẽ cho phép bạn cài đặt các thư viện vào thư mục /home/masi/Rlibs (chọn bất kỳ tên nào bạn muốn) trong tương lai và do đó tránh được sự cần thiết sudo R.

Ngoài ra, bạn có thể đặt biến môi trường R_LIBS_USERthành /usr/local/lib/R/site-library/( /home/masi/Rlibshoặc bất cứ nơi nào thư viện của bạn đang được cài đặt). Chỉ cần thêm dòng này vào ~/.profile:

R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library/