Tôi sử dụng pdftk là chủ yếu. Nhưng đây là một số người khác để xem xét:
pdfsam (PDF Split and Merge) : "pdfsam là một công cụ nguồn mở (giấy phép GPL) được thiết kế để xử lý các tệp pdf"
PDFJam "Một tập hợp nhỏ các tập lệnh shell cung cấp giao diện đơn giản cho hầu hết các chức năng của gói tệp PDF trang PDF xuất sắc (của Andreas Matthias) cho pdfLaTeX ." (Bạn cũng có thể sử dụng trực tiếp pdfLaTeX.)
jPDFTweak : "jPDF Tweak là một ứng dụng Java Swing có thể kết hợp, phân tách, xoay, sắp xếp lại, watermark, mã hóa, ký và nếu không thì chỉnh sửa các tệp PDF."
Inkscape: là trình chỉnh sửa đồ họa vector có thể nhập các trang PDF sang định dạng SVG gốc và cũng có thể xuất dưới dạng PDF.
Calibre: Phần mềm quản lý ebook nguồn mở có thể chuyển đổi các tệp PDF sang các định dạng khác và thao tác chúng theo các cách khác. Đi kèm với các công cụ dòng lệnh như pdfmanipulation có thể hữu ích.
Ghostscript tất nhiên có thể làm rất nhiều thứ với các tệp PDF.