Chế độ được bảo vệ (PM) 286 khác về cơ bản với những gì mà 386 cung cấp. Hãy nghĩ về 286 PM như một nguyên mẫu, có rất nhiều thiếu sót mà hầu như không ai từng sử dụng nó, và toàn bộ mọi thứ đã được thiết kế lại hoàn toàn từ đầu cho phiên bản 386.
Nó không sử dụng mô hình bộ nhớ phẳng, nó sử dụng mô hình được phân đoạn như chế độ thực, điều đó có nghĩa là bạn phải nhảy qua các vòng để truy cập bộ nhớ trong các khối lớn hơn 64kB một lần.
Nó hoàn toàn không tương thích với tất cả các chương trình (MS-DOS) có sẵn tại thời điểm đó, vì vậy một khi bạn ở trong PM, bạn không thể sử dụng bất kỳ chương trình nào bạn đã từng sử dụng.
Bạn cũng không thể rời khỏi chế độ được bảo vệ một lần nữa trừ khi bạn khởi động lại PC, vì vậy các nhà sản xuất đã đưa ra các giải pháp sáng tạo như đặt cờ vào RAM, sau đó viết một giá trị ma thuật cho bộ điều khiển bàn phím, điều này sẽ ấn vào pin đặt lại trên CPU để khởi động lại máy móc. Điều đầu tiên BIOS sẽ làm là phát hiện cờ được thiết lập trước đó, khi đó nó sẽ quay trở lại chương trình ban đầu thay vì chạy thói quen POST, cho phép chương trình gốc tiếp tục chạy khi đã "thoát" PM.
Điều này có nghĩa là việc sử dụng 286 PM đã ngăn bạn chạy các chương trình DOS bình thường mà không cần nhiều thủ thuật. Vào thời điểm chỉ có các chương trình DOS, nó không đáng để sử dụng PM.
Vì vậy, nó đã trở nên phức tạp hơn khi làm việc với 286 PM hơn là chỉ sống mà không có nó, và dựa vào EMS và XMS để truy cập vào bộ nhớ thêm. Một số bo mạch chủ có 286 hỗ trợ chipset cho EMS để bạn có thể sử dụng tất cả bộ nhớ hệ thống bổ sung mà không cần PM.
Intel đã nhận ra những thiếu sót này và tạo ra một PM hoàn toàn mới khác trong năm 386. Mô hình bộ nhớ phẳng giúp việc truy cập bộ nhớ trong một khối lên tới 4GB đơn giản. CPU có thể ra vào PM với một vài hướng dẫn để không cần các giao thức khởi động lại vụng về. VM86 có nghĩa là hầu hết thời gian bạn thậm chí không cần thoát PM, bạn có thể chạy các chương trình DOS trong khi vẫn ở chế độ PM.
Tất cả những cải tiến này có nghĩa là 386 PM không chỉ có nhiều chức năng hơn mà còn tương thích nhiều hơn.
Nói cách khác, điểm chung duy nhất giữa chế độ được bảo vệ 286 và 386 là tên. Đây là lý do tại sao các hệ điều hành PM thường là 386 hoặc mới hơn. Thêm hỗ trợ cho 286 PM sẽ là một nỗ lực hoàn toàn độc lập, với rất ít hoặc không có mã nào có thể được chia sẻ với 386 PM hoàn toàn khác.
Ngược lại, 386 PM hoạt động theo cách tương tự cho đến lần cuối cùng của CPU 32 bit và thậm chí xa hơn nếu bạn chạy phần mềm 32 bit trên CPU 64 bit.