Làm cách nào để hiển thị hình ảnh từ một tệp trong Jupyter Notebook?

Tôi muốn sử dụng sổ ghi chép IPython như một cách để phân tích tương tác một số biểu đồ bộ gen tôi đang thực hiện với GenomeDiagrammô-đun của Biopython . Trong khi có tài liệu mở rộng về cách sử dụngmatplotlib để lấy đồ thị nội tuyến trong sổ ghi chép IPython, GenomeDiagram sử dụng bộ công cụ ReportLab mà tôi không nghĩ là được hỗ trợ cho đồ thị nội tuyến trong IPython.

Tuy nhiên, tôi đã nghĩ rằng một cách xoay quanh vấn đề này sẽ là viết sơ đồ cốt truyện / bộ gen vào một tệp và sau đó mở dòng hình ảnh sẽ có kết quả tương tự như thế này:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

Tuy nhiên, tôi không thể tìm ra cách để làm điều này - hoặc biết nếu nó có thể. Vậy có ai biết nếu hình ảnh có thể được mở / hiển thị trong IPython không?

Lịch sự của bài đăng này , bạn có thể làm như sau:

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

( tài liệu chính thức )

Nếu bạn đang cố gắng hiển thị một Hình ảnh theo cách này trong một vòng lặp, thì bạn cần phải bọc hàm tạo Hình ảnh trong một phương thức hiển thị.

from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))

Lưu ý, cho đến bây giờ các giải pháp được đăng chỉ hoạt động cho png và jpg!

Nếu bạn muốn nó thậm chí dễ dàng hơn mà không cần nhập thêm thư viện hoặc bạn muốn hiển thị Tệp GIF hoạt hình hoặc không hoạt hình trong Notebook Ipython của bạn. Chuyển đổi dòng nơi bạn muốn hiển thị nó để đánh dấu và sử dụng bản hack ngắn đẹp này!

![alt text](test.gif "Title")

Điều này sẽ nhập và hiển thị .jpghình ảnh trong Jupyter (được thử nghiệm với Python 2.7 trong môi trường Anaconda)

from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))

Bạn có thể cần cài đặt PIL

trong Anaconda, điều này được thực hiện bằng cách gõ

conda install pillow

Courtesy of này trang, tôi thấy điều này làm việc khi những đề nghị trên không:

import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))

Bạn có thể sử dụng mã html trong phần đánh dấu: ví dụ:

 <img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />

Một phiên bản Python3 sạch hơn sử dụng numpy, matplotlib và PIL tiêu chuẩn. Hợp nhất câu trả lời để mở từ URL.

import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np

pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()

Nếu bạn muốn hiển thị hiệu quả số lượng lớn hình ảnh, tôi khuyên bạn nên sử dụng gói IPyPlot

import ipyplot

ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)

Có một số chức năng hữu ích khác trong gói đó, nơi bạn có thể hiển thị hình ảnh trong các tab tương tác (tab riêng cho từng nhãn / lớp) rất hữu ích cho tất cả các tác vụ phân loại ML.

Khi sử dụng GenomeDiagramvới Jupyter (iPython), cách dễ nhất để hiển thị hình ảnh là chuyển đổi GenomeDiagram thành hình ảnh PNG. Điều này có thể được gói bằng cách sử dụng một đối tượng IPython.display.Image để làm cho nó hiển thị trong sổ ghi chép.

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
                fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))

[Xem Notebook]