Loại vấn đề này thường xảy ra do cố gắng lấy từ một kho lưu trữ có hai tên tệp chỉ khác nhau trong trường hợp. Nếu bạn đang sử dụng FAT, NTFS ở chế độ không phân biệt chữ hoa chữ thường (về cơ bản, bất cứ lúc nào nó được sử dụng trong Windows) hoặc HFS + ở chế độ phân biệt chữ hoa chữ thường và có hai tệp "foobar" và "FOOBAR", thì Git sẽ thấy hai tệp khác biệt nhưng hệ thống tệp sẽ chỉ thấy một tệp, điều này sẽ gây ra tất cả các loại vấn đề. Git sẽ kiểm tra, chẳng hạn như, "FOOBAR", và sau đó kiểm tra "foobar", hệ thống tệp coi như đơn giản là thay thế nội dung của "FOOBAR" nhưng vẫn để nguyên. Bây giờ với Git, có vẻ như "FOOBAR" đã được thay thế bằng nội dung của "foobar" và "foobar" đã biến mất.
Có hai biểu hiện khác nhau của vấn đề cơ bản này. Một là khi kho lưu trữ của bạn thực sự chứa hai tệp chỉ khác nhau về trường hợp. Trong trường hợp này, bạn cần làm việc trên hệ thống tệp phân biệt chữ hoa chữ thường hoặc bạn sẽ cần chỉnh sửa kho lưu trữ để đảm bảo rằng không có xung đột nào xảy ra; một hệ thống tệp không phân biệt chữ hoa chữ thường không thể lưu trữ nội dung của kho lưu trữ này.
Một trường hợp khác mà bạn có thể giải quyết là khi việc đổi tên xảy ra sẽ thay đổi trường hợp của tệp. Ví dụ: giả sử kho lưu trữ Git có đổi tên từ "EXAMPLE" thành "example". Trước khi Git kiểm tra phiên bản mới, nó sẽ thử và kiểm tra để đảm bảo rằng nó không ghi đè lên một số tệp hiện có mà bạn có trên đĩa của mình. Vì nó nghĩ rằng "example" là một tên tệp mới, nó sẽ hỏi hệ thống tệp nếu nó tồn tại và hệ thống tệp sẽ nhìn thấy "EXAMPLE" và nói có, vì vậy Git sẽ từ chối kiểm tra phiên bản mới vì nó cho rằng nó sẽ bị ghi đè các tệp chưa được kiểm tra. Trong trường hợp này, nếu bạn không có thay đổi cục bộ nào mà bạn quan tâm, đơn giảngit reset --hard <revision-to-checkout>
nói chung sẽ đủ để giúp bạn vượt qua vấn đề và đến với bản sửa đổi mới. Chỉ cần thử và nhớ đừng đổi tên tệp thành những tên khác chỉ khác nhau trong trường hợp bạn đang sử dụng hệ thống tệp không phân biệt chữ hoa chữ thường, vì nó sẽ gây ra các vấn đề như thế này.