Cython: Lỗi nghiêm trọng: numpy / Arrayobject.h: Không có tệp hoặc thư mục như vậy

Tôi đang cố gắng tăng tốc câu trả lời ở đây bằng Cython. Tôi cố gắng biên dịch mã (sau khi thực hiện cygwinccompiler.pyhack giải thích ở đây ), nhưng gặp fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminatedlỗi. Bất cứ ai có thể cho tôi biết nếu đó là một vấn đề với mã của tôi, hoặc một số tinh tế bí truyền với Cython?

Dưới đây là mã của tôi.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

Trong của bạn setup.py, Extensionnên có đối số include_dirs=[numpy.get_include()].

Ngoài ra, bạn đang thiếu np.import_array()trong mã của bạn.

-

Ví dụ setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

Đối với một dự án một tệp như của bạn, một cách khác là sử dụng pyximport. Bạn không cần phải tạo setup.py... bạn thậm chí không cần mở một dòng lệnh nếu bạn sử dụng IPython ... tất cả đều rất thuận tiện. Trong trường hợp của bạn, hãy thử chạy các lệnh này trong IPython hoặc trong tập lệnh Python bình thường:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Bạn có thể cần phải chỉnh sửa trình biên dịch tất nhiên. Điều này làm cho việc nhập và tải lại hoạt động giống nhau đối với .pyxcác tệp khi chúng hoạt động đối với .pycác tệp.

Nguồn: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

Lỗi có nghĩa là tệp tiêu đề numpy không được tìm thấy trong quá trình biên dịch.

Hãy thử làm export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/, và sau đó biên dịch. Đây là một vấn đề với một vài gói khác nhau. Có một lỗi được gửi trong ArchLinux cho cùng một vấn đề: https://bugs.archlinux.org/task/2 2326

Câu trả lời đơn giản

Một cách đơn giản hơn là thêm đường dẫn vào tệp của bạn distutils.cfg. Theo mặc định, đường dẫn của Windows 7 là mặc định C:\Python27\Lib\distutils\. Bạn chỉ cần xác nhận các nội dung sau đây và nó sẽ hoạt động:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Toàn bộ tập tin cấu hình

Để cho bạn một ví dụ về cách tệp cấu hình có thể trông như thế nào, toàn bộ tệp của tôi đọc:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

Nó sẽ có thể làm điều đó trong cythonize()chức năng như được đề cập ở đây , nhưng nó không hoạt động vì có một vấn đề đã biết

Nếu bạn quá lười để viết các tập tin thiết lập và tìm ra đường dẫn cho các thư mục bao gồm, hãy thử cyper . Nó có thể biên dịch mã Cython của bạn và include_dirstự động đặt cho Numpy.

Tải mã của bạn vào một chuỗi, sau đó chỉ cần chạy cymodule = cyper.inline(code_string), sau đó chức năng của bạn có sẵn cymodule.sparsemakerngay lập tức. Một cái gì đó như thế này

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

Bạn có thể cài đặt cyper qua pip install cyper.