Cách đặt biến env trong sổ ghi chép Jupyter

Tôi gặp sự cố là Jupyter không thể thấy biến env trong tệp bashrc, có cách nào để tải các biến này trong jupyter hoặc thêm biến custome vào không?

Để đặt một biến env trong sổ ghi chép jupyter, chỉ cần sử dụng %lệnh ma thuật, hoặc %envhoặc %set_env, ví dụ: %env MY_VAR=MY_VALUEhoặc %env MY_VAR MY_VALUE. (Sử dụng %envchính nó để in ra các biến môi trường hiện tại.)

Xem: http://ipython.readthedocs.io/en/stable/interactive/magics.html

Bạn cũng có thể đặt các biến trong kernel.jsontệp của mình :

Giải pháp của tôi rất hữu ích nếu bạn cần các biến môi trường giống nhau mỗi khi khởi động nhân jupyter, đặc biệt nếu bạn có nhiều bộ biến môi trường cho các tác vụ khác nhau.

Để tạo một hạt nhân ipython mới với các biến môi trường của bạn, hãy làm như sau:

• Đọc tài liệu tại https://jupyter-client.readthedocs.io/en/stable/kernels.html#kernel-specs
• Chạy jupyter kernelspec listđể xem danh sách có các hạt nhân đã cài đặt và nơi các tệp được lưu trữ.
• Sao chép thư mục chứa kernel.json (ví dụ có tên python2) sang một thư mục mới (ví dụ python2_myENV).
• Thay đổi display_nametrong kernel.jsontệp mới .
• Thêm envtừ điển xác định các biến môi trường.

Kernel json của bạn có thể trông như thế này (Tôi không sửa đổi bất cứ thứ gì từ kernel.json đã cài đặt ngoại trừ display_namevà env):

{
 "display_name": "Python 2 with environment",
 "language": "python",
 "argv": [
  "/usr/bin/python2",
  "-m",
  "ipykernel_launcher",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ],
 "env": {"LD_LIBRARY_PATH":""}
}

Các trường hợp sử dụng và ưu điểm của phương pháp này

• Trong trường hợp sử dụng của tôi, tôi muốn đặt biến LD_LIBRARY_PATHảnh hưởng đến cách tải các mô-đun đã biên dịch (ví dụ: được viết bằng C). Đặt biến này bằng cách sử dụng %set_envkhông hoạt động.
• Tôi có thể có nhiều hạt nhân python với các môi trường khác nhau.
• Để thay đổi môi trường, tôi chỉ phải chuyển đổi / khởi động lại hạt nhân, nhưng tôi không phải khởi động lại cá thể jupyter (hữu ích, nếu tôi không muốn mất các biến trong sổ ghi chép khác). Xem -however - https://github.com/jupyter/notebook/issues/2647

Nếu đang sử dụng Python, bạn có thể xác định các biến môi trường của mình trong một .envtệp và tải chúng từ trong sổ ghi chép Jupyter bằng python-dotenv .

Cài đặt python-dotenv:

pip install python-dotenv

Tải .envtệp vào sổ ghi chép Jupyter:

%load_ext dotenv
%dotenv

Bạn có thể thiết lập các biến môi trường trong mã của mình như sau:

import sys,os,os.path
sys.path.append(os.path.expanduser('~/code/eol_hsrl_python'))
os.environ['HSRL_INSTRUMENT']='gvhsrl'
os.environ['HSRL_CONFIG']=os.path.expanduser('~/hsrl_config')

Tất nhiên, đây là bản sửa lỗi tạm thời, để có được một bản sửa chữa vĩnh viễn, bạn có thể cần xuất các biến vào của mình ~.profile, bạn có thể tìm thêm thông tin tại đây

Nếu bạn cần thiết lập biến trước khi bạn bắt đầu máy tính xách tay, giải pháp duy nhất mà làm việc đối với tôi là env VARIABLE=$VARIABLE jupyter notebookvới export VARIABLE=valuetrong .bashrc.

Trong trường hợp của tôi, tensorflow cần biến đã xuất để nhập thành công vào sổ ghi chép.

Một vấn đề tôi gặp phải: Hai lệnh sau là tương đương. Lưu ý đầu tiên không thể sử dụng dấu ngoặc kép. Nói cách khác, trích dẫn chuỗi khi sử dụng %env VAR ...sẽ dẫn đến việc các dấu ngoặc kép được bao gồm như một phần giá trị của biến, điều này có thể không phải là điều bạn muốn.

%env MYPATH=C:/Folder Name/file.txt

và

import os
os.environ['MYPATH'] = "C:/Folder Name/file.txt"

Nếu bạn đang sử dụng systemd, tôi vừa phát hiện ra rằng bạn dường như phải thêm chúng vào tệp đơn vị systemd. Điều này trên Ubuntu 16. Việc đưa chúng vào .profile và .bashrc (thậm chí là / etc / profile) dẫn đến các ENV Vars không khả dụng trong sổ ghi chép juypter.

Tôi đã phải chỉnh sửa:

/lib/systemd/system/jupyer-notebook.service

và đặt biến tôi muốn đọc trong tệp đơn vị như:

Environment=MYOWN_VAR=theVar

và chỉ sau đó tôi mới có thể đọc nó từ trong sổ tay juypter.

Một giải pháp liên quan (ngắn hạn) là lưu trữ các biến môi trường của bạn trong một tệp duy nhất, với định dạng có thể dự đoán được, có thể được lấy ra khi khởi động thiết bị đầu cuối và / hoặc đọc vào sổ ghi chép. Ví dụ: tôi có một tệp, .envcó định nghĩa biến môi trường của tôi ở định dạng VARIABLE_NAME=VARIABLE_VALUE(không có dòng trống hoặc dấu cách thừa). Bạn có thể nguồn tệp này trong .bashrchoặc .bash_profiletệp khi bắt đầu một phiên đầu cuối mới và bạn có thể đọc tệp này vào sổ ghi chép với nội dung như,

import os
env_vars = !cat ../script/.env
for var in env_vars:
    key, value = var.split('=')
    os.environ[key] = value

Tôi đã sử dụng một đường dẫn tương đối để cho thấy rằng .envtệp này có thể sống ở bất kỳ đâu và được tham chiếu liên quan đến thư mục chứa tệp sổ ghi chép. Điều này cũng có lợi thế là không hiển thị các giá trị biến trong mã của bạn ở bất kỳ đâu.