Tôi muốn chuyển hướng in sang tệp .txt bằng python. Tôi có một vòng lặp 'for', sẽ 'in' đầu ra cho mỗi tệp .bam của tôi trong khi tôi muốn chuyển hướng TẤT CẢ các đầu ra này thành một tệp. Vì vậy, tôi đã cố gắng để đặt

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

ở đầu kịch bản của tôi. Tuy nhiên tôi không nhận được gì trong tệp .txt. Kịch bản của tôi là:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

Vậy vấn đề là gì? Còn cách nào khác ngoài sys.stdout này không?

Tôi cần kết quả của mình như sau:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

Cách rõ ràng nhất để làm điều này là in ra một đối tượng tệp:

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

Tuy nhiên, chuyển hướng stdout cũng làm việc cho tôi. Có thể là tốt cho một kịch bản một lần như thế này:

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

Chuyển hướng bên ngoài từ chính vỏ là một lựa chọn tốt khác:

./script.py > out.txt

Các câu hỏi khác:

Tên tệp đầu tiên trong kịch bản của bạn là gì? Tôi không thấy nó khởi tạo.

Dự đoán đầu tiên của tôi là toàn cầu không tìm thấy bất kỳ bamfiles nào, và do đó vòng lặp for không chạy. Kiểm tra xem thư mục có tồn tại không, và in ra các bamfiles trong tập lệnh của bạn.

Ngoài ra, sử dụng os.path.join và os.path.basename để thao tác các đường dẫn và tên tệp.

Bạn có thể chuyển hướng in với >>toán tử.

f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x

Trong hầu hết các trường hợp, tốt hơn hết là bạn chỉ nên ghi vào tệp một cách bình thường.

f.write('whatever')

hoặc, nếu bạn có một vài mục bạn muốn viết với khoảng trắng ở giữa, như print:

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

Tham chiếu API Python 2 hoặc Python 3 :

print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)

Đối số tệp phải là một đối tượng với một write(string)phương thức; nếu nó không có mặt hoặc None, sys.stdoutsẽ được sử dụng. Vì các đối số được in được chuyển đổi thành chuỗi văn bản, print()không thể được sử dụng với các đối tượng tệp chế độ nhị phân. Đối với những điều này, sử dụng file.write(...)thay thế.

Vì đối tượng tệp thường chứa write()phương thức, tất cả những gì bạn cần làm là truyền đối tượng tệp vào đối số của nó.

Viết / ghi đè lên tệp

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

Viết / Nối vào tập tin

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

Điều này hoạt động hoàn hảo:

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

Bây giờ lời chào sẽ được ghi vào tệp test.txt. Đảm bảo đóng stdoutbằng a close, nếu không có nó, nội dung sẽ không được lưu trong tệp

Không sử dụng print, sử dụnglogging

Bạn có thể thay đổi sys.stdoutđể trỏ đến một tập tin, nhưng đây là một cách khá khó hiểu và không linh hoạt để xử lý vấn đề này. Thay vì sử dụng print, hãy sử dụng loggingmô-đun.

Với logging, bạn có thể in giống như bạn muốn stdouthoặc bạn cũng có thể ghi đầu ra vào một tệp. Bạn thậm chí có thể sử dụng các mức thông điệp khác nhau ( critical, error, warning, info, debug), ví dụ, chỉ in những vấn đề lớn đối với giao diện điều khiển, nhưng vẫn đăng nhập hành động mã nhỏ vào một tập tin.

Một ví dụ đơn giản

Nhập logging, nhận loggervà đặt mức xử lý:

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

Nếu bạn muốn in ra thiết bị xuất chuẩn:

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

Nếu bạn cũng muốn ghi vào một tệp (nếu bạn chỉ muốn ghi vào một tệp, hãy bỏ qua phần cuối cùng):

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

Sau đó, bất cứ nơi nào bạn sẽ sử printdụng một trong các loggerphương pháp:

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

Để tìm hiểu thêm về việc sử dụng các loggingtính năng nâng cao hơn , hãy đọc logginghướng dẫn tuyệt vời trong tài liệu Python .

Giải pháp đơn giản nhất không phải là thông qua python; nó xuyên qua vỏ. Từ dòng đầu tiên của tệp của bạn ( #!/usr/bin/python) Tôi đoán bạn đang sử dụng hệ thống UNIX. Chỉ sử dụng các printcâu lệnh như bạn thường làm và không mở tệp trong tập lệnh của bạn. Khi bạn chạy tệp, thay vì

./script.py

để chạy tập tin, sử dụng

./script.py > <filename>

nơi bạn thay thế <filename>bằng tên của tệp bạn muốn đầu ra đi vào. Mã >thông báo cho (hầu hết) các vỏ để đặt thiết bị xuất chuẩn vào tệp được mô tả bởi mã thông báo sau.

Một điều quan trọng cần được đề cập ở đây là "script.py" cần phải được thực thi ./script.pyđể chạy.

Vì vậy, trước khi chạy ./script.py, thực hiện lệnh này

chmod a+x script.py (làm cho tập lệnh thực thi được cho tất cả người dùng)

Nếu bạn đang sử dụng Linux, tôi khuyên bạn nên sử dụng teelệnh. Việc thực hiện diễn ra như sau:

python python_file.py | tee any_file_name.txt

Nếu bạn không muốn thay đổi bất cứ điều gì trong mã, tôi nghĩ rằng đây có thể là giải pháp tốt nhất có thể. Bạn cũng có thể thực hiện logger nhưng bạn cần thực hiện một số thay đổi trong mã.

Bạn có thể không thích câu trả lời này, nhưng tôi nghĩ đó là QUYỀN. Đừng thay đổi điểm xuất phát của bạn trừ khi thực sự cần thiết (có thể bạn đang sử dụng thư viện chỉ xuất ra thiết bị xuất chuẩn ??? rõ ràng không phải là trường hợp ở đây).

Tôi nghĩ như một thói quen tốt, bạn nên chuẩn bị dữ liệu trước thời hạn dưới dạng chuỗi, sau đó mở tệp của bạn và viết toàn bộ nội dung cùng một lúc. Điều này là do các hoạt động đầu vào / đầu ra là thời gian bạn mở tệp xử lý càng lâu, càng có nhiều khả năng xảy ra lỗi với tệp này (lỗi khóa tệp, lỗi i / o, v.v.). Chỉ cần thực hiện tất cả trong một thao tác sẽ không có câu hỏi khi nào nó có thể bị lỗi.

Đây là một ví dụ:

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

Và sau đó khi bạn hoàn tất việc thu thập "dòng dữ liệu" của mình cho một dòng trên mỗi mục danh sách, bạn có thể kết hợp chúng với một số '\n'ký tự để làm cho toàn bộ nội dung có thể xuất ra; thậm chí có thể bọc câu lệnh đầu ra của bạn trong một withkhối, để đảm bảo an toàn hơn (sẽ tự động đóng tay cầm đầu ra của bạn ngay cả khi có sự cố):

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

Tuy nhiên nếu bạn có nhiều dữ liệu để viết, bạn có thể viết từng phần một. Tôi không nghĩ nó có liên quan đến ứng dụng của bạn nhưng đây là lựa chọn thay thế:

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

Nếu chuyển hướng stdouthoạt động cho vấn đề của bạn, câu trả lời của Gringo Suave là một minh chứng tốt cho cách thực hiện.

Để làm cho nó thậm chí còn dễ dàng hơn , tôi đã thực hiện một phiên bản sử dụng contextmanagers cho một cú pháp gọi khái quát ngắn gọn bằng cách sử dụng withtuyên bố:

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

Để sử dụng nó, bạn chỉ cần làm như sau (xuất phát từ ví dụ của Suave):

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

Nó hữu ích cho việc chuyển hướng có chọn lọc printkhi một mô-đun sử dụng nó theo cách bạn không thích. Nhược điểm duy nhất (và đây là công cụ giải quyết trong nhiều tình huống) là nó không hoạt động nếu một người muốn có nhiều luồng với các giá trị khác nhau stdout, nhưng điều đó đòi hỏi một phương pháp tốt hơn, tổng quát hơn: truy cập mô-đun gián tiếp. Bạn có thể thấy việc thực hiện điều đó trong các câu trả lời khác cho câu hỏi này.

Thay đổi giá trị của sys.stdout sẽ thay đổi đích của tất cả các cuộc gọi để in. Nếu bạn sử dụng một cách khác để thay đổi đích in, bạn sẽ nhận được kết quả tương tự.

Lỗi của bạn là ở một nơi khác:

• nó có thể nằm trong mã bạn đã xóa cho câu hỏi của mình (tên tệp đến từ đâu để gọi mở?)
• cũng có thể là bạn không đợi dữ liệu bị xóa: nếu bạn in trên thiết bị đầu cuối, dữ liệu sẽ bị xóa sau mỗi dòng mới, nhưng nếu bạn in ra một tệp, nó chỉ bị xóa khi bộ đệm tiêu chuẩn đầy (4096 byte trên hầu hết các hệ thống).

Một cái gì đó để mở rộng chức năng in cho các vòng lặp

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()