Sơ đồ Sankey trong R?

Tôi đang cố gắng hình dung luồng dữ liệu của mình bằng Sơ đồ Sankey trong R.

Tôi thấy bài đăng trên blog này liên kết đến một tập lệnh R tạo ra Sơ đồ Sankey, tiếc là nó khá thô và hơi hạn chế (xem bên dưới để biết mã và dữ liệu mẫu).

Có ai biết về các tập lệnh khác — hoặc thậm chí có thể là một gói — được phát triển hơn không? Mục tiêu cuối cùng của tôi là trực quan hóa cả luồng dữ liệu và tỷ lệ phần trăm theo kích thước tương đối của các thành phần sơ đồ, như trong các ví dụ này về Sơ đồ Sankey .

Tôi đã đăng một câu hỏi hơi tương tự trên danh sách trợ giúp r , nhưng sau hai tuần mà không có bất kỳ câu trả lời nào, tôi đang thử vận ​​may của mình ở đây trên stackoverflow.

Cảm ơn, Eric

Tái bút. Tôi biết về Âm mưu Bộ song song , nhưng đó không phải là thứ tôi đang tìm kiếm.

# thanks to, https://tonybreyal.wordpress.com/2011/11/24/source_https-sourcing-an-r-script-from-github/
  sourc.https     <- function(url, ...) {
# install and load the RCurl package 
if (match('RCurl', nomatch=0, installed.packages()[,1])==0) {
  install.packages(c("RCurl"), dependencies = TRUE)
  require(RCurl)  
} else require(RCurl)    

# parse and evaluate each .R script
  sapply(c(url, ...), function(u) {
    eval(parse(text = getURL(u, followlocation = TRUE, 
    cainfo  = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", 
    package = "RCurl"))), envir = .GlobalEnv)
 } )
 }

# from https://gist.github.com/1423501
sourc.https("https://raw.github.com/gist/1423501/55b3c6f11e4918cb6264492528b1ad01c429e581/Sankey.R")

# My example (there is another example inside Sankey.R):
inputs = c(6, 144)
losses = c(6,47,14,7, 7, 35, 34)
unit = "n ="

labels = c("Transfers",
           "Referrals\n",
           "Unable to Engage",
           "Consultation only",
           "Did not complete the intake",
           "Did not engage in Treatment",
           "Discontinued Mid-Treatment",
           "Completed Treatment",
           "Active in \nTreatment")

SankeyR(inputs,losses,unit,labels)

# Clean up my mess
rm("inputs", "labels", "losses", "SankeyR", "sourc.https", "unit")

Sơ đồ Sankey được tạo với mã trên,

Cốt truyện này có thể được tạo thông qua networkD3gói. Nó cho phép bạn tạo sơ đồ sankey tương tác. Ở đây bạn có thể tìm thấy một ví dụ . Tôi cũng đã thêm một ảnh chụp màn hình để bạn có thể biết nó trông như thế nào.

# Load package
library(networkD3)

# Load energy projection data
# Load energy projection data
URL <- paste0(
        "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
        "master/JSONdata/energy.json")
Energy <- jsonlite::fromJSON(URL)
# Plot
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             units = "TWh", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

Tôi đã tạo một gói ( riverplot ) có chức năng hơi khác, nhưng chồng chéo so với hàm Sankey và có thể tạo ra các âm mưu như thế này:

Nếu bạn muốn làm điều đó với R, giá thầu tốt nhất của bạn dường như là gợi ý @Roman - hãy hack chức năng SankeyR . Ví dụ - dưới đây là cách khắc phục rất nhanh của tôi - chỉ cần định hướng các nhãn thẳng đứng, bù trừ chúng và giảm phông chữ cho các giới thiệu đầu vào để làm cho nó trông đẹp hơn một chút. Sửa đổi này chỉ thay đổi dòng 171 và 223 trong hàm SankeyR :

    #line171 - change oversized font size of input label
    fontsize = max(0.5,frInputs[j]*1.5)#1.5 instead of 2.5 

    #line223 - srt changes from 35 to 90 to orient labels vertically, 
    #and offset adjusts them to get better alignment with arrows
    text(txtX, txtY, fullLabel, cex=fontsize, pos=4, srt=90, offset=0.1)

Tôi không phải là át chủ bài về lượng giác, nhưng đây thực sự là thứ bạn cần để thay đổi hướng mũi tên. Điều đó sẽ là lý tưởng theo quan điểm của tôi - nếu bạn có thể điều chỉnh các mũi tên lỏng lẻo để chúng được định hướng theo chiều ngang thay vì theo chiều dọc. Nếu không, tại sao giải pháp của tôi khắc phục sự cố với hướng nhãn, nó không làm cho sơ đồ dễ đọc hơn ...

Ngoài rCharts , sơ đồ Sankey giờ đây cũng có thể được tạo trong R với googleVis (phiên bản> = 0.5.0). Ví dụ: bài đăng này mô tả việc tạo ra sơ đồ sau bằng googleVis:

Của R phù sagói cũng sẽ làm điều này (từ ?alluvial).

# install.packages(c("alluvial"), dependencies = TRUE)
require(alluvial)

# Titanic data
tit <- as.data.frame(Titanic)

# 4d
alluvial( tit[,1:4], freq=tit$Freq, border=NA,
     hide = tit$Freq < quantile(tit$Freq, .50),
     col=ifelse( tit$Class == "3rd" & tit$Sex == "Male", "red", "gray") )

plotly có sức mạnh tương tự như networkD3gói ( ví dụ liên kết ).

Đánh giá theo các định nghĩa này, chức năng này, giống như Biểu đồ bộ song song, thiếu khả năng phân chia và kết hợp các luồng (tức là thông qua nhiều hơn một quá trình chuyển đổi).

Vì biểu đồ Sankey là biểu đồ có trọng số có hướng , một gói như qgraph có thể hữu ích.

Các SankeyRchức năng cung cấp nhãn rõ ràng hơn nếu bạn sắp xếp các khoản lỗ theo thứ tự như văn bản giảm dần được đặt gần gũi hơn với người đứng đầu mũi tên mà không chồng chéo.

hãy xem //sankeybuilder.com vì nó cung cấp giải pháp sẵn sàng hoạt động, nơi bạn có thể tải lên dữ liệu của mình và phát lại các biến thể theo thời gian. Quá trình chuyển đổi hoạt động tốt (tương tự như bản trình diễn youtube trong câu hỏi của bạn). Nếu bạn tải bản demo SankeyTrend, nó bao gồm nhiều khe thời gian (Dữ liệu năm). Sau khi tải (xây dựng các sankeys tự động), hãy nhấp vào nút phát ở góc trên bên phải của trang để phát lại các khe thời gian, bạn thậm chí có thể tạm dừng và tiếp tục thời gian. Url demo ở đây: SankeyTrend Hy vọng điều này sẽ giúp ích cho việc tìm kiếm sơ đồ Sankey hoàn hảo.

Để hoàn thiện, cũng có ggalluvialgói ggplot2 extensiondành cho sơ đồ phù sa / Sankey.

Đây là một ví dụ được lấy từ tài liệu của gói

# devtools::install_github("corybrunson/ggalluvial", ref = "optimization")
library(ggalluvial)

titanic_wide <- data.frame(Titanic)
ggplot(data = titanic_wide,
       aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age,
           y = Freq)) +
  scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) +
  xlab("Demographic") +
  geom_alluvium(aes(fill = Survived)) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  theme_minimal() +
  ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic",
          "stratified by demographics and survival") +
  theme(legend.position = 'bottom')

ggplot(titanic_wide,
       aes(y = Freq,
           axis1 = Survived, axis2 = Sex, axis3 = Class)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Class),
                width = 0, knot.pos = 0, reverse = FALSE) +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/8, reverse = FALSE) +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE, reverse = FALSE) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0), 
                     breaks = 1:3, labels = c("Survived", "Sex", "Class")) +
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) +
  coord_flip() +
  ggtitle("Titanic survival by class and sex")

^{Được tạo vào ngày 11 tháng 11 năm 2018 bởi gói reprex (v0.2.1.9000)}

Chỉ cần mở một gói có nguồn gốc sử dụng sơ đồ phù hợp để hình dung các giai đoạn của quy trình làm việc. Vì lịch sử được lưu giữ khi dạng phù sa được sử dụng, nên không có bất kỳ vết cắt nào ở các cạnh.

https://github.com/claytontstanley/shiny.alluvial