Làm thế nào để thực hiện so sánh sau hoc về thuật ngữ tương tác với mô hình hiệu ứng hỗn hợp?

Tôi đang làm việc trên một bộ dữ liệu để đánh giá tác động của việc làm khô đối với các hoạt động của vi sinh vật trầm tích. Mục tiêu là để xác định xem tác động của quá trình sấy có khác nhau giữa các loại trầm tích và / hoặc độ sâu trong trầm tích hay không.

Thiết kế thử nghiệm như sau:

• Yếu tố đầu tiên Trầm tích tương ứng với ba loại trầm tích (mã hóa là Sed1, Sed2, Sed3). Đối với mỗi loại Trầm tích, việc lấy mẫu được thực hiện trên ba địa điểm (3 địa điểm đối với Sed1, 3 địa điểm đối với Sed2, 3 địa điểm đối với Sed3).
• Trang web được mã hóa: Site1, Site2, ..., Site9.
• Yếu tố tiếp theo là Thủy văn : trong mỗi địa điểm, việc lấy mẫu được thực hiện trong một ô khô và trong một ô ướt (được mã hóa là Khô / Ướt).

Trong mỗi ô trước đó, việc lấy mẫu được thực hiện tại hai Độ sâu (D1, D2) trong ba lần.

Có tổng cộng n = 108 mẫu = 3 trầm tích * 3 vị trí * 2 thủy văn * 2 độ sâu * 3 lần lặp lại.

Tôi sử dụng lme()hàm trong R ( gói nlme ) như sau:

Sediment <- as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site <- as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5",            
                        "Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology <- as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth <- as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable <- rnorm(108)

mydata <- data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)

mod1 <- lme(Variable ~ Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, 
             random=~1|Site/Hydrology/Depth)
anova(mod1)

Tôi muốn chạy một so sánh sau hoc để kiểm tra xem một thuật ngữ có ý nghĩa hay không.

Tôi có thể làm điều đó cho một hiệu ứng chính đơn giản (ví dụ: Trầm tích ):

summary(glht(mod1,linfct=mcp(Sediment="Tukey")))

Nhưng glht()chức năng này không hoạt động đối với các điều khoản tương tác.

Tôi thấy rằng những điều sau đây có thể hoạt động cho anova 2 chiều:

mod1 <- lme(Variable~Sediment*Hydrology, data=mydata, 
            random=~1|Site/Hydrology)
mydata$SH <- interaction(mydata$Sediment, mydata$Hydrology)
mod2 <- lme(Variable ~ -1 + SH, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology)
summary(glht(mod2, linfct=mcp(SH="Tukey")))

Có thể sử dụng cách tiếp cận tương tự trong trường hợp anova 3 chiều? Bất kỳ trợ giúp nào về cách thực hiện so sánh sau hoc về các điều khoản tương tác trong trường hợp này sẽ được đánh giá cao.

Tôi thấy gói "lsmeans" khá hữu ích đặc biệt là khi có tương tác ax * z * v. Tuy nhiên, gói chỉ khả dụng cho các phiên bản mới hơn của R.

http://cran.r-project.org/web/packages/lsmeans/vignettes/USE-lsmeans.pdf

Bạn có nghĩa là bạn muốn làm tất cả các so sánh cặp cho ba yếu tố?

mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
mydata$SHD<-interaction(mydata$Sediment,mydata$Hydrology,mydata$Depth)
mod2<-lme(Variable~-1+SHD, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
summary(glht(mod2,linfct=mcp(SHD="Tukey")))