Làm thế nào để tính toán tỷ lệ nguy hiểm dự đoán từ mô hình Cox PH?

11

Tôi có mô hình Cox PH sau đây:

(Thời gian, sự kiện) ~ X + Y + Z

Tôi muốn để có được những rủi ro dự đoán tỷ lệ (i đang nói về tỷ lệ rủi ro KHÔNG tỷ số rủi ro) cho các giá trị cụ thể của X, Y, Z. Tôi biết gói muhaz R có thể tính toán tỷ lệ nguy hiểm quan sát được, nhưng tôi quan tâm đến mô hình dự đoán.

Có cách nào để làm điều này trong R?

r survival hazard cox-model

— không có cổ phần
nguồn

2

Có vẻ như "phương trình" của bạn mô hình một kết quả nhị phân. Bây giờ, mô hình PH của Cox xử lý dữ liệu sinh tồn và phía bên trái là tỷ lệ nguy hiểm ... Tôi nghĩ bạn nên làm rõ ...

— ocram

2

Mô hình Cox không ước tính hàm nguy hiểm cơ sở (thường được chỉ định là

). Để ước tính tỷ lệ mới mắc từ một mô hình, bạn nên sử dụng mô hình sống sót tham số thay thế.

λ_{0} (t)

$\lambda_0(t)$

— boscovich

1

Có một sự mơ hồ trong câu hỏi của bạn. Hàm nguy hiểm là một xác suất, không phải là tỷ lệ. Đây có phải là chức năng nguy hiểm mà bạn muốn, hoặc cái gì khác?

— Fomite

16

Chức năng trong gói sinh tồn R để có được tỷ lệ rủi ro cơ bản là basehaz.

$e^{\beta}$

Một ví dụ đơn giản có thể giúp:

library(survival) #survival analysis
library(eha) #used for data 
data(oldmort) #create the data

# Create surv data set
mort <- Surv(time=oldmort$enter,time2=oldmort$exit,event=oldmort$event)

reg_fit <- coxph(formula=mort~oldmort$sex)
summary(reg_fit)

# Now get baseline curve
baseline <- basehaz(reg_fit)

# Draw baseline hazard (that's male)
plot(baseline$time, baseline$hazard, type='l',main="Hazard rates") 

# Draw female hazard
lines(baseline$time, exp(-0.1929)*baseline$hazard, col="blue")

$\exp(-0.1929)=0.8245$ summary(reg_fit) $18\%$

— CarrKnight
nguồn

13

Hàm basehaz(từ câu trả lời trước) cung cấp nguy cơ tích lũy , không phải hàm nguy hiểm (tỷ lệ). Tôi tin rằng câu hỏi đó là về chức năng nguy hiểm. Ước tính hàm nguy hiểm sẽ yêu cầu đặc điểm kỹ thuật của loại làm mịn (như trong ước tính mật độ). Các Muhazgói R có thể làm điều này cho một dữ liệu mẫu. Tôi không biết về một chức năng có thể làm điều này cho mối nguy cơ bản trong mô hình Cox. Tôi cũng cần điều này. Tôi nghĩ rằng tôi sẽ cần phải tự làm dịu mối nguy tích lũy.

— người dùng21413
nguồn