Làm thế nào để vẽ một Dendrogram quạt (Polar) trong R?

9

Tôi đang đề cập đến một cái gì đó như thế này:

văn bản thay thế

dữ liệu đề xuất để hiển thị một giải pháp:

data(mtcars)
plot(hclust(dist(mtcars)))

r data-visualization dendrogram

— Tal Galili
nguồn

1

Lợi thế của một đại diện cực (ngoài việc tiết kiệm không gian) là gì? Có vẻ như tôi là khó khăn hơn để xem xét.

— nico

1

@nico Thật tuyệt vời (-;

1

Nó cũng hữu ích khi bạn không có một thân cây ...

— Tal Galili

3

@mbq: bạn đã bỏ lỡ một cách chơi chữ "tốt" ở đó ... bạn có thể đã nói "đó là người hâm mộ nhiều hơn " :)

— nico

10

Trong phylogenetic, đây là một phylogram của người hâm mộ, vì vậy bạn có thể chuyển đổi nó thành phylovà sử dụng ape:

library(ape)
library(cluster) 
data(mtcars)
plot(as.phylo(hclust(dist(mtcars))),type="fan")

Kết quả:
văn bản thay thế

(+1) Tôi đã tìm cái này, nhưng không thể tìm thấy nó trong apegói!

— chl

Chơi lô tô. Đó là những gì tôi đang tìm kiếm. Tôi tự hỏi nếu có một cái gì đó tương tự trong ggplot2 ...

— Tal Galili

@Tal Không có hỗ trợ chính thức cho các cấu trúc cây trong ggplot2. Nhìn vào chủ đề nhóm Google này, j.mp/c85l5l (nhưng chắc chắn nó không phải là thông tư).

— chl

Xin chào chl, cảm ơn bạn đã liên kết. Tôi cũng sẽ trả lời ở đó với tham chiếu đến mã này ...

— Tal Galili

5

Bạn đã thấy bài này? http://groups.google.com/group/ggplot2/browse_thread/thread/8e1efd0e7793c1bb

Lấy ví dụ, thêm tọa độ_polar () và đảo ngược các trục và bạn sẽ khá gần:

library(cluster) 
data(mtcars)
x <- as.phylo(hclust(dist(mtcars)))

p <- ggplot(data=x)
p <- p + geom_segment(aes(y=x,x=y,yend=xend,xend=yend), colour="blue",alpha=1) 
p <- p + geom_text(data=label.phylo(x), aes(x=y, y=x, label=label),family=3, size=3) + xlim(0, xlim) + coord_polar()

theme <- theme_update(  axis.text.x = theme_blank(),
                        axis.ticks = theme_blank(),
                        axis.title.x = theme_blank(),
                        axis.title.y = theme_blank(),
                        legend.position = "none"
                     )
p <- p + theme_set(theme)
print(p)

— Charlotte Wickham
nguồn

1

p <- ggplot(data=x)Tôi nhận được lỗi này : ggplot2 doesn't know how to deal with data of class phylo. Tôi đang thiếu gì?

— GaBorgulya

1

Bốn năm sau, bây giờ tôi có thể trả lời câu hỏi này. Nó có thể được thực hiện bằng cách kết hợp hai gói mới: tuần hoàn và dendextend .

Cốt truyện có thể được thực hiện bằng cách sử dụng circlize_dendrogramchức năng (cho phép kiểm soát tinh tế hơn nhiều đối với bố cục "quạt" của chức năng cốt truyện).

# install.packages("dendextend")
# install.packages("circlize")
library(dendextend)
library(circlize)

# create a dendrogram
hc <- hclust(dist(datasets::mtcars))
dend <- as.dendrogram(hc)

# modify the dendrogram to have some colors in the branches and labels
dend <- dend %>% 
   color_branches(k=4) %>% 
   color_labels

# plot the radial plot
par(mar = rep(0,4))
# circlize_dendrogram(dend, dend_track_height = 0.8) 
circlize_dendrogram(dend, labels_track_height = NA, dend_track_height = .4)

Và kết quả là:

nhập mô tả hình ảnh ở đây

— Tal Galili
nguồn