OpenBugs so với JAGS

41

Tôi sắp thử một môi trường kiểu BUGS để ước tính các mô hình Bayes. Có bất kỳ lợi thế quan trọng nào để xem xét trong việc lựa chọn giữa OpenBugs hoặc JAGS không? Là một trong những khả năng để thay thế khác trong tương lai gần?

Tôi sẽ sử dụng Bộ lấy mẫu Gibbs đã chọn với R. Tôi chưa có ứng dụng cụ thể nào, nhưng tôi quyết định nên tìm hiểu và học hỏi.

— DanB
nguồn

3

câu hỏi tương tự: stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— Tò mò

34

BUGS / OpenBugs có một hệ thống xây dựng đặc biệt khiến việc biên dịch mã trở nên khó thực hiện trên một số hệ thống - chẳng hạn như Linux (và IIRC OS X), nơi mọi người phải dùng đến mô phỏng Windows, v.v.

Jags, mặt khác, là một dự án hoàn toàn mới được viết bằng các công cụ GNU tiêu chuẩn và do đó có thể di chuyển đến mọi nơi - và do đó có thể sử dụng ở mọi nơi.

Vì vậy, trong ngắn hạn, nếu hệ thống của bạn là Windows thì bạn có một sự lựa chọn và chi phí tiềm năng bị mắc kẹt với Bugs nếu bạn từng di chuyển. Nếu bạn không ở trên Windows, thì Jags có thể là lựa chọn tốt hơn.

— Dirk Eddelbuettel
nguồn

6

Theo mô phỏng Linux Window là không cần thiết, thư viện chia sẻ có thể được sử dụng trực tiếp. Chỉ GUI không hoạt động theo cách này, nhưng đó không phải là vấn đề đối với DanB vì họ muốn gọi nó từ R.

— GaBorgulya

1

@GaBorgulya Mặc dù vậy, nếu tôi chọn giữa hai công cụ, tôi sẽ chọn công cụ hoạt động hoàn toàn trên hệ thống đã chọn của mình.

— Fomite

1

Hiện tại, gói BRugs không được hỗ trợ trên 64 Bit Linux, như đã nêu trong tài liệu và điều này có thể dẫn đến các vấn đề như lỗi mà tôi gặp phải C không thể biên dịch khi cố gắng tìm ra cách sử dụng cốt truyện với mcmc.list đầu ra từ rjags trong hai câu hỏi trên trang web này và SO vẫn chưa được trả lời.

— David LeBauer

13

Đối với những người tìm thấy câu hỏi này: bây giờ cũng có Stan . Stan một ngày nào đó có thể thay thế OpenBUGS và JAGS, nhưng nó chưa hỗ trợ tất cả các phân tích mà các gói khác làm.

— Jack Tanner
nguồn

4

Gần một năm sau, tôi nghĩ tôi sẽ bình luận về điều này. Các nhà phát triển dường như tận tâm và những điều họ dự định thêm vào đó (suy luận đa dạng!) Đều đến Stan chắc chắn thay thế OpenBUGS và JAGS. Điều đó đang được nói, tôi không tin tưởng vào lúc này và cho đến bây giờ sẽ chỉ sử dụng nó khi JAGS không phải là một lựa chọn. Nó dường như đòi hỏi nhiều tinh chỉnh hơn để có được kết quả hợp lý trong các vấn đề phức tạp, thay vì ít hơn. Stan hoàn toàn không sử dụng lấy mẫu Gibbs và đối với các vấn đề mà tôi biết Gibbs sẽ hoạt động, tôi không thể biện minh cho việc sử dụng nó. Tôi nghĩ rằng trong tương lai những vấn đề này sẽ được giải quyết, mặc dù.

— anh chàng

1

@MattTagg Tôi không nghĩ đánh giá của mình đã thay đổi, nhưng tôi không phải là chuyên gia. Tôi đã sử dụng nó rất nhiều và đã tốt hơn với nó, nhưng tôi đã không theo kịp tất cả sự phát triển của họ. Có một loạt các mô hình mà tôi muốn tôi có thể kết hợp NUTS với các cập nhật lấy mẫu Gibbs đơn giản (kết hợp JAGSvà STANvề cơ bản), nhưng điều đó dường như không sớm xuất hiện STANmặc dù điều đó chắc chắn là có thể làm được.

— anh chàng

1

mát mẻ, tốt để biết cảm ơn. sắp bắt đầu làm việc thông qua phiên bản mới của "Thực hiện phân tích dữ liệu Bayes" với các ví dụ được cập nhật trong JAGS và STAN.

— kỵ binh

1

Kiểm tra lại để xem so sánh mới nhất của JAGS và STAN. Cái nào tốt hơn bây giờ và cái nào có khả năng tốt hơn trong tương lai?

— itpeteren

Một câu hỏi đã được đăng lên yêu cầu trợ giúp để dịch mô hình lỗi sang stan: stackoverflow.com/questions/53809468/ . - bất kì sự trợ giúp nào đều được đánh giá cao.

— Krantz

5

Tôi khuyên bạn nên jags trên openbugs vì lý do tốc độ. Tôi đã thử cả hai trên một hệ thống Linux và jags nhanh hơn nhiều.

— mra
nguồn

3

điều này có thể là vấn đề cụ thể mặc dù ...

— Ben Bolker

5

Tôi thấy jags hoạt động trơn tru hơn trong Linux và dễ cài đặt hơn, nhưng hiện tại nó không hỗ trợ các phân tích không gian mà GeoBUGS hỗ trợ. Vì vậy, tôi sử dụng OpenBUGS.

— kinh ngạc
nguồn