Xóa các hàng chứa NA trong mỗi cột

Tôi có một tệp được phân định bằng tab trông như thế này:

gene    v1  v2  v3  v4
g1  NA  NA  NA  NA
g2  NA  NA  2   3
g3  NA  NA  NA  NA
g4  1   2   3   2

Số lượng các trường trong mỗi dòng là cố định và giống nhau. Tôi muốn xóa các hàng đó khỏi tệp trên, trong đó tất cả các trường cho mỗi hàng từ cột 2 đến cuối cùng là NA. Sau đó, đầu ra sẽ như:

gene    v1  v2  v3  v4
g2  NA  NA  2   3
g4  1   2   3   2 

Với awk:

awk '{ for (i=2;i<=NF;i++) if ($i!="NA"){ print; break } }' file

Lặp lại các trường bắt đầu từ trường thứ hai và in dòng nếu NAtìm thấy trường không chứa . Sau đó phá vỡ vòng lặp.

Sử dụng GNU sed

sed -e '/g[0-9]\+\(\s*NA\s*\)\+$/d' filename

Giải thích ngắn gọn:

g[0-9]\+\(\s*NA\s*\)\+$là một kết hợp regex gtheo sau bởi ít nhất một chữ số, sau đó bất kỳ số NAs nào có khoảng trắng tùy chọn giữa cho đến cuối dòng.

sed -e '/<regex>/d' xóa tất cả các dòng khớp <regex>

Một biểu thức chính quy chuẩn hơn với cùng ý nghĩa sẽ là:

sed -Ee '/g[0-9]+([[:space:]]*NA[[:space:]]*)+$/d' filename

Với alltừ danh sách Perl :: mô-đun Util:

$ perl -MList::Util=all -alne 'shift @F; print unless all { $_ eq "NA" } @F' file
gene  v1  v2  v3  v4
g2    NA  NA  2   3
g4    1   2   3   2

Với grep:

egrep -v -x 'g[0-9]+([[:blank:]]+NA)*[[:blank:]]*' filename

Điều này khiến grep không hiển thị -vcác dòng ( ) trong đó toàn bộ dòng ( -x) khớp:

• chữ thường g trong cột đầu tiên, theo sau là một hoặc nhiều chữ số
• bất kỳ số lượng các khoảng trắng theo sau bởi NA
• khoảng trắng theo dõi tùy chọn

Bạn có thể thử:

$ grep -P '\t(?!NA(\t|$))' file

$ sed -e 'h;s/\tNA//g;/\t/!d;g' file

$ perl -MList::MoreUtils=any -F'\t' -lane 'print if any { ! /^NA$/ } @F[1..$#F]' file