Lsmeans báo cáo gì cho một mô hình tuyến tính tổng quát, chẳng hạn như mô hình hỗn hợp Poisson (phù hợp với ánh sáng)?


10

Tôi đang phân tích dữ liệu theo dõi mắt từ một thí nghiệm được thiết kế. Một phiên bản đơn giản hóa của dữ liệu của tôi trông như thế này (Bạn có thể lấy dữ liệu dput () tại đây ),

head(lookDATA)

  participant fixationImage fixationCount
1           9    Automobile            81
2           9          Bird            63
3           9         Chair            82
4           9           Dog            64
5           9          Face            90
6           9         Plant            75

trong đó người tham gia là một định danh duy nhất cho từng đối tượng, fixationImage là danh mục hình ảnh họ đã sửa và fixationCount là số lần họ sửa trong danh mục ảnh đó.

Tôi khớp một mô hình poisson với dữ liệu bằng cách sử dụng glmer () từ gói lme4 .

model<-glmer(fixationCount ~ fixationImage + (1|participant), family = poisson, data = lookDATA)

Tôi đã sử dụng lsmeans () từ gói lsmeans để kiểm tra sự khác biệt giữa các cấp độ yếu tố,

cld(lsmeans(model,"fixationImage"))

cung cấp đầu ra sau:

fixationImage   lsmean         SE df asymp.LCL asymp.UCL .group
Chair         3.786022 0.05764923 NA  3.673018  3.899026  1    
Bird          3.866201 0.05750641 NA  3.753476  3.978925   2   
Dog           3.868768 0.05751010 NA  3.756037  3.981500   2   
Body          3.883644 0.06040952 NA  3.765230  4.002059   23  
Plant         3.893327 0.05746744 NA  3.780679  4.005975   23  
Automobile    3.901939 0.05745528 NA  3.789315  4.014563   23  
Face          3.946848 0.05832549 NA  3.832519  4.061178    3 

Theo sự hiểu biết (có lẽ hạn chế) của tôi về việc sử dụng họa tiết lsmeans, cột lsmean sẽ biểu thị số lượng trung bình của ngoại hình cho một danh mục nhất định được mô hình dự đoán.

Tuy nhiên, những giá trị này có vẻ khó chịu khác xa với thống kê mô tả đơn giản cho những con số này,

summaryBy(fixationCount ~ fixationImage, data = lookDATA)

  fixationImage fixationCount.mean
1    Automobile           55.18750
2          Bird           53.25000
3          Body           57.12821
4         Chair           50.39450
5           Dog           53.82883
6          Face           56.76389
7         Plant           54.71429

gợi ý có lẽ là tôi không hiểu chính xác những gì các lsmeans đại diện ở đây, hoặc có lẽ tôi đã sai chính tả mô hình.

Bất kỳ sự trợ giúp nào cũng sẽ được đánh giá cao.

Câu trả lời:


9

Đầu ra đại diện cho dự đoán từ mô hình của bạn cho mỗi hình ảnh. Với họ độc, chức năng liên kết mặc định là nhật ký tự nhiên - vì vậy các giá trị đó nằm trên thang đo nhật ký. Nếu bạn làm như vậy lsmeans(..., type = "response"), nó sẽ chuyển đổi dự đoán thành thang đo phản hồi ban đầu.


Cảm ơn rất nhiều cho câu trả lời nhanh chóng. Tôi đã thay đổi cú pháp của mình thành cld (lsmeans (model, "fixationImage", type = "reply")) nhưng gặp lỗi sau: Lỗi trong $<-.data.frame( *tmp*, "sep", value = ","): thay thế có 1 hàng, dữ liệu có 0. Đối với bản ghi Tôi đang sử dụng phiên bản R 3.1.2 (2014-10-31) 'Mũ bảo hiểm bí ngô' và phiên bản lsmeans 2.17. Tuy nhiên, bạn đã trả lời câu hỏi của tôi và tôi sẽ chuyển đổi đầu ra theo cách thủ công. Cảm ơn một lần nữa!
Marcus Morrisey

Cập nhật: Lỗi vẫn tồn tại khi cập nhật lên phiên bản R 3.2.0 (2015-04-16), "Đầy đủ thành phần"
Marcus Morrisey

2
Tôi không chắc tại sao xảy ra lỗi nhưng có vẻ như nó đến từ cldphía của sự việc. Lấy nó ra và xem nếu nó hoạt động. Và sử dụng pairsthay vì cld để kiểm tra các so sánh (trong một cuộc gọi riêng). Dù sao đó cũng là một con đường tốt hơn bởi vì cld đưa ra quyết định trắng đen.
Russ Lenth

Cảm ơn một lần nữa. Bạn đã đúng, các chức năng tốt bên ngoài cld (). Tôi đồng ý với đánh giá của bạn về tính ưu việt của các cặp (). Tôi dự định sử dụng đầu ra cld () cho âm mưu và bao gồm một bảng với thông tin chi tiết hơn từ các cặp () trong các tài liệu bổ sung. Gói tuyệt vời, theo kịp các công việc tuyệt vời.
Marcus Morrisey

3
@MarcusMorrisey Tôi đã sửa lỗi trong cldđó tạo ra lỗi. Cảm ơn đã báo cáo nó. Gửi cho tôi một e-mail (xem trường Bảo trì) nếu bạn muốn tôi gửi gói cập nhật. Khác, nó sẽ được cập nhật trên CRAN trong một vài tuần.
Russ Lenth
Khi sử dụng trang web của chúng tôi, bạn xác nhận rằng bạn đã đọc và hiểu Chính sách cookieChính sách bảo mật của chúng tôi.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.