adonis in vegan: thứ tự các biến hoặc sử dụng các tầng

Tôi đang sử dụng adonis()hàm trong vegangói để xác định 1) nếu các loài vật chủ cùng xuất hiện khác nhau trong cộng đồng vi sinh vật của chúng trên nhiều trang web và 2) nếu các trang web khác nhau. Tôi đã kiểm tra tất cả các bài đăng trên CV và SO, và không có câu trả lời rõ ràng về cách xác định tầm quan trọng của nhiều yếu tố bằng cách sử dụng chức năng adonis.

Lần đầu tiên tôi đã làm điều này, như được đề xuất bởi /programming/26768779/vegan-adonis-unbalified-design-ss-type-ii-or-iii :

trong đó jacc là một ma trận khác nhau bằng cách sử dụng số liệu jaccard

adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare)

adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Species    2    0.6055 0.30273  1.7690 0.04981  0.004 ** 
Site       4    2.1378 0.53445  3.1231 0.17587  0.001 ***
Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Sau đó đảo ngược thứ tự:

adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare)

adonis_2

Call:
adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Site       4    2.4385 0.60962  3.5623 0.20061  0.001 ***
Species    2    0.3048 0.15238  0.8904 0.02507  0.716    
Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Nhưng tôi không biết làm thế nào để giải thích điều đó, bởi vì thứ tự có vấn đề và tôi không thực sự chắc chắn liệu có sự khác biệt giữa các loài hay không.

Sau một số tìm kiếm, tôi quyết định sử dụng địa tầng.

Tôi nghĩ rằng điều này đang nói: là những loài cùng xuất hiện khác nhau khi bạn chỉ so sánh các loài ở cùng một địa điểm.

species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare)

species_adonis

Call:
adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site) 

Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)
Species    2    0.6055 0.30273  1.5464 0.04981  0.335
Residuals 59   11.5500 0.19576         0.95019       
Total     61   12.1554                 1.00000  

Sau đó để đặt câu hỏi về trang web, tôi đã sử dụng các loài trong chặn.

Tôi nghĩ điều này đang nói: là các trang web khác nhau khi bạn chỉ so sánh cùng một loài

site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare)

Call:
adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species) 

Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Site       4    2.4385 0.60962  3.5761 0.20061  0.001 ***
Residuals 57    9.7169 0.17047         0.79939           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Kết luận của tôi là cộng đồng vi sinh vật trên một loài nhất định khác nhau giữa các địa điểm, nhưng cộng đồng vi sinh vật không khác nhau giữa các loài vật chủ.

Cách tiếp cận của tôi có đúng không hay tôi đang hiểu sai cách sử dụng tầng lớp (tức là chặn)?

Hoặc có cách nào để trung bình qua các bài kiểm tra khi tôi chuyển thứ tự của các biến không?

Như bạn đã lưu ý, bằng cách chạy hai mô hình adonis với các yếu tố cố định của bạn đảo ngược, bạn thấy rằng cả phương sai được gán cho từng yếu tố và giá trị P khác nhau mỗi lần. Điều này xảy ra trong các thiết kế không cân bằng như của bạn, trong đó mức độ tự do liên quan đến từng yếu tố khác nhau.
Từ mô tả về thử nghiệm của bạn, nó trông giống như một trường hợp cổ điển của một thiết kế lồng nhau trong đó Loài được lồng trong Trang web. Trong trường hợp này, mô hình bạn đang tìm kiếm sẽ giống như thế này :
adonis <- adonis(jacc ~ Site / Species, strata = Site, data = df_compare).
Xin lưu ý rằng độ lồng nhau phải được nêu trong công thức mô hình cũng như trong tầng lớp (xem trả lời của Jari Oksanen ).